1) Per quanto riguarda l'articolo 3A punto 2 della tabella 1 del Capitolato Speciale Descrittivo e Prestazionale, dove si richiede di indicare il numero di proteine quantificate come descritto dall’Allegato 1, si richiede se sia possibile utilizzare un approccio DIA (Data Independent Acquisition) oppure è richiesta un'acquisizione DDA (Data Dependent Acquisition). Qualora fosse possibile procedere con un approccio DIA, si richiede di confermare che sia da Voi fornito il campione prefrazionato per l’acquisizione della libreria.
2) Si chiede di confermare che i peptidi utilizzabili per la quantificazione (MS) delle proteine, di cui al punto 2A-2a e Tabella 1.2 del Capitolato, non debbano necessariamente essere anche identificati (MS/MS) nei tre replicati tecnici.
3) L'Istituto dispone di un certificato in grado di provare la qualità e la stabilità del campione di digerito proteico da utilizzare per la valutazione della performance assoluta dello strumento (Allegato 1)?
4) Poiché il termine per le richieste di chiarimenti è fissato per il 26/03/2021 e le risposte verranno fornite almeno 6 giorni prima della scadenza del termine per la presentazione delle offerte, si richiede una proroga della scadenza della procedura ad oggi fissata al 31/03/2021.
5) Si richiede se la presentazione dell’offerta possa essere effettuata da un legale rappresentante diverso da quello che ha effettuato l’iscrizione al Vs. Portale, senza la necessità di fare una registrazione ulteriore. Entrambi i rappresentanti godono di equivalenti poteri.
Domanda del:
24/03/2021 aggiornata il 24/03/2021
1) Si conferma. Come descritto nel Capitolato, è possibile procedere con una quantificazione in entrambe le modalità, purché la quantificazione venga comunque fatta sulla base di almeno 2 peptidi per proteina e con un false discovery rate MASSIMO del 1%. Faranno sempre fede le proteine quantificate in tutti e tre i replicati tecnici. Per quanto riguarda la libreria, non verrà fornito il campione prefrazionato. E’ comunque possibile usare una libreria DIA SWATH che il nostro stesso gruppo ha ottimizzato proprio sul modello in esame (Braccia et al. SWATH label-free proteomics for cystic fibrosis research J Cyst Fibros 2019 Jul;18(4):501-506. doi: 10.1016/j.jcf.2018.10.004. Epub 2018 Oct 19). La libreria è anche disponibile pubblicamente presso il database SWATH ATLAS. Una copia è anche disponibile presso il Laboratorio.
2) Si chiede di riformulare il quesito. Non si comprende come poter quantificare una proteina senza sapere quali sono i peptidi ad essa assegnati. Se la domanda si riferisce alla possibilità di effettuare la quantificazione usando tracce puramente di tipo MRM, senza evidenza specifica della identità del peptide, allora la risposta è negativa. Deve essere possibile, in qualunque momento, analizzare la sequenza MS/MS di ogni peptide che viene usato per la quantificazione.
3) No, non abbiamo nessun certificato specifico. Il campione di prova è stato preparato come descritto nell’Allegato 1 e da noi analizzato per verificarne la qualità. Una aliquota assolutamente identica è conservata sotto azoto congelata a -80°C, e così si trova attualmente.
4) La Stazione Appaltante procede tempestivamente al riscontro dei quesiti formulati. Pertanto, allo stato attuale non si ravvisa la necessità di prorogare i termini di scadenza della procedura.
5) Si conferma. La presentazione dell’offerta può essere effettuata anche da soggetto diverso da quello che ha effettuato l’iscrizione, fatto salvo il possesso dei necessari poteri di rappresentanza.
IT
Iscriviti con NetworkPA